电影《银河补习班》结局是马飞化险为夷,平安的完成了任务回到了地面,他和父亲都完成了自己心中的目标,两个人的感情也更加深厚,在马飞和马皓文心中他们彼此都是对方的骄傲。
马皓文从一名设计师变成了劳改犯,老婆也和自己离婚了,马皓文在监狱里没办法照顾儿子,前妻为了更好的生活选择去外地做生意,将儿子马飞放在了寄宿学校里,结果马飞在寄宿学校里缺少关心和教育,逐渐成为了问题少年。
等到马皓文出狱,一切都变了,马飞和自己的感情也不好了,他的学习和生活也是一团糟。不过马皓文并没有放弃,他知道是自己对不起儿子,所以他准备用自己的方式来教育儿子,重新让儿子的生活走向正轨。所有人都不理解马皓文,觉得马皓文将儿子当成了实验品,他们都不理解马皓文对儿子的爱,最后马皓文成功的将马飞培养成了宇航员,父子俩的感情也越来越深。