有人说，进化论的出现只是上帝在掩饰自己的存在，因为在目前的生物理论界中，有很多违背进化论的事物存在。而公认进化论最大的缺陷则是寒武纪的生命大爆发。因为这是最早出现生物化石的时期，最让人不解的是，在寒武纪大爆发之前，却并没有这些生物的化石，从而使进化论出现了断层。
寒武纪生命大爆发推翻进化论
达尔文的生物进化论已经创立150多年了，在创立之初这只是被当作一种假说而被提出，但是随着后人的不断发现与完善，如今已经发展成为了自然科学界的公理。但是进化论是存在很大的缺陷的，很多生物的存在都是进化论不能够解释的，这导致有人抨击进化论是新的上帝。
就目前来说进化论最大的缺陷就是寒武纪生物物种大爆发，根据寒武纪时期的化石现实，在距今5.3亿年前，地球在短短的2000多万年的时间内，突然涌现出了各种各样的生物，而比寒武纪更早的地质时期却并没有这些生物的化石。这些生物就像是凭空出现的一样，让人大感迷惑。
就连进化论的创造者达尔文也在《物种起源》的著作中提到了着一个事实，并认为这一事实会被用做反对其进化论的有力证据。但他同时解释到，寒武纪的动物的祖先一定是来自前寒武纪动物，是经过很长时间的进化过程产生的;寒武纪动物化石出现的“突然性”和前寒武纪动物化石的缺乏，是由于地质记录的不完全或是由于老地层淹没在海洋中的缘故。但这解释过于牵强，并不能服众。
进化论不能解释的现象
亿万年没有演变的生物：七鳃鳗与腔棘鱼
七鳃鳗是至今少数仅存的无颌类脊椎鱼形动物之一，内蒙古发现的七鳃鳗化石可以追溯至1.25亿年前的早白垩世晚期，是首例展示了七鳃鳗预变态和变态阶段的化石记录。但有研究人员发现今天的七鳃鳗与1.25亿年前的发育阶段及形态特征和生活习性并无多大差异，也不符合进化论的理论。
七鳃鳗并不是唯一在亿万年间无演变的物种，科学家已经发现了一些动植物在几亿年间的不变，如亿年前传花粉的蜜蜂、近2亿年无进化的蕨类植物、4亿年交配习性不变的腔棘鱼。这些不曾变化的物种用进化论是难以解释的，为什么它们拒绝进化?
无法解释的史前人类文明
1880年，美国加利福尼亚的太波山下出土了许多精巧的石器工具，鉴定后确认这是5500万年前的遗迹，完全打破了进化论里人类进化的体系。然而，这个惊人的发现很快被莫名其妙地“淡忘”了。当盛行的理论受到冲击时，人们总是不愿意怀疑自己的信仰，即便面对事实也要怀疑或者不愿理睬。
1966年，墨西哥的霍亚勒克出土了一批铁矛，美国地质学家麦金泰尔博士奉命去鉴定。她用了两种方法测定了铁矛的年代，得到了同样的结果：距今25万年。这个违背进化论的结果实在让科学界无法接受。一个欧洲学者迫于各方面的压力，改成了人们愿意接受的年代。而麦金泰尔，这位在国际上有一定声望的教授，却从此失去了在相关领域里工作的一切机会。
已故的考古学家阿曼塔也遭遇了类似的命运。他在墨西哥的普瑞拉瓦城发现了一个史前动物的颌骨，里面有一块残破的铁矛的矛头，鉴定发现是26万年前的武器。一些刊物公布了这个不寻常的发现，但很快招来了权威们不作任何调查的批判，阿曼塔的事业也从此被扼杀了。
随着时间的推移，虽然进化论暴露的问题越来越多，但也有越来越多的问题被合理的解答。一些进化论学者据事实对进化论谨慎地提出了疑问，却招来了经验性的批判。但是，事实毕竟是事实，理论的困惑，永远吸引着每一个探求真理的人。
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