1990年，侨居在乌干达的图西族难民组织卢旺达爱国阵线（RPF）与胡图族政府军爆发内战。在周边国家的调停和压力下，1993年8月，卢旺达政府及爱国阵线在坦桑尼亚北部城市阿鲁沙签署旨在结束内战的和平协定。即将到来的和平令卢旺达政府高层中的极端势力感到恐惧，他们逐渐对朱韦纳尔·哈比亚利马纳总统感到不满，认为他在与爱国阵线的谈判中让步太多。
1994年4月6日，载着卢旺达总统朱韦纳尔·哈比亚利马纳和布隆迪总统西普里安·恩塔里亚米拉的飞机在卢旺达首都基加利附近被击落，两位总统同时罹难。该事件立即在卢旺达全国范围内引发了胡图族人针对图西族人的血腥报复。7日，由胡图族士兵组成的总统卫队杀害了卢旺达女总理、图西族人乌维林吉伊姆扎纳和3名部长。
在当地媒体和电台的煽动下，此后3个月里，先后约有80万至100万人惨死在胡图族士兵、民兵、平民的枪支、弯刀和削尖的木棒之下，绝大部分受害者是图西族人，也包括一些同情图西族的胡图族人，卢旺达全国1/8的人口消失，另外还有25万至50万卢旺达妇女和女孩遭到强奸。
同年7月，卢旺达爱国阵线与邻国乌干达的军队反攻进入卢旺达首都基加利，击败了胡图族政府。200万胡图族人，其中一些屠杀参与者，由于害怕遭到图西族报复，逃到邻国布隆迪、坦桑尼亚、乌干达和扎伊尔（今刚果民主共和国）。数千人由于霍乱和痢疾死于难民营。
2015年12月7日，刚果民主共和国军方发言人卡松加将军（Leon-Richard Kasonga）宣布，卢旺达问题国际刑事法庭（TPIR）所通缉且一直在逃的9名卢旺达大屠杀元凶之一拉迪斯拉斯⋅恩塔甘兹瓦（Ladislas Ntaganzwa）当天在北基伍省鲁丘鲁地区（Rutshuru）的基耶耶（Kiyeye）村被抓获，联合国驻刚果（金）人权联合办事处随即证实这一消息，并要求将恩塔甘兹瓦引渡给TPIR。
2019年1月，联合国大会通过决议，将卢旺达大屠杀纪念日正式名称改为“反思1994年针对图西族的卢旺达大屠杀国际日”。据法新社刚刚报道，卢旺达大屠杀逃犯卡布贾（Kabuga）在法国被捕。
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