汉武帝晚年，体弱多病，遂开始宠信方士，信奉巫术。年纪一大，便刚愎自用起来，暴戾恣睢。他指使酷吏清查“巫蛊”，严刑逼供，形成空前的大狱，有数万人受冤致死，最后导致太子被杀。
汉武帝征和二年（前91），66岁的汉武帝已到了风烛残年的时候，长年体弱多病，这位在中国历史上素以雄才大略著称的皇帝进入了生命的晚期。他和其他的君王一样，在享受到至高无上的权力和后宫粉黛如云的美色之后，就想着如何才能长生不老，永远能享受到天下的荣华富贵。疾病在向他逼近，他躺在未央宫中，开始担心自己是否会因病而死，并且怀疑自己的疾病是否是有人在诅咒他而引起的。武帝信任酷吏江充，任命为直指绣衣使者。江充见武帝年老多病且多疑，遂妄称武帝病在巫蛊。
当时，京师聚集着许多方士、巫师，大行巫蛊之术。汉武帝时代通行的“巫蛊”形式，大致是用桐木削制成仇人的形象，有的插刺铁针，埋入地下，用恶语诅咒，以为能够使对方罹祸。当时的人普遍相信，如果想让某人患病甚至去世，可以用木头刻画成此人的样子，然后在他身上扎上针，埋在地下，再施以恶毒的诅咒，事情就会变得很灵验。“巫蛊”曾经是妇女相互仇视时发泄私愤的通常方式之一，宫廷妇女和贵族妇女常因嫉妒而使用“巫蛊”之术，使得这种迷信意识严重侵入上层社会生活。因此，在皇宫表面的富丽堂皇与警卫森严的背后，很多颇有名声的女巫们出入其中，为后妃们度厄，为怨妇们诅咒。这些后妃们为了争宠，常常互相攻讦，而最有杀伤力的攻讦就是让武帝相信，某人的宫中埋有木偶，木偶的神主就是武帝。
这种情况一直持续了有两年左右的时间，想永存于世却又疾病缠身汉武帝一直被这种木偶与诅咒所纠缠得不能自拔，后妃们的谎言与揭发，星象所显示的灾难变异，一日数报的边疆急变，这一切都使得汉武帝越来越相信，自己的病和帝国的病，真的是由于木偶的原因。为此，汉武帝命令江充到处掘地寻找木偶，一旦发现，便大开杀戒。这一时期，由于木偶而被处死的人竟达数以万计。
尤其让国人和武帝感到震惊的是，江充报告说他在太子的东宫中找到了许多木偶，言下之意，乃是指太子希望用诅咒的方法使父亲早早死去，以便提早接班。之前，江充与太子已经结冤。江充凭着武帝对他的信任，见太子家车马在驰道上行走，就没收车马，并劾奏于武帝。太子请江充宽恕，江充不听，两人遂交恶不和。江充害怕武帝去世后太子将来会迫害自己，遂一直想找到报复的机会，现在机会终于来了。
戾太子刘据，是汉武帝的儿子，卫皇后所生，所以也称为卫太子。后代称他为戾太子，那是刘据死后的谥号。汉武帝29岁时，刘据才出生，汉武帝非常喜爱他。刘据长大以后，性格和顺谨慎，汉武帝嫌他才能一般，不像自己，遂渐转向宠爱工夫人所生子刘闽，李姬所生子刘旦、刘胥，李夫人所生子刘鹘。于是皇后和太子都感到宠爱递减，心不自安。汉武帝自己也感觉到这一点，有一次他对大将军卫青说：“汉家建国匆促，加上四夷侵扰中原，朕不变更制度，则后世无所遵循；不出军征发，则天下不能安定，如此不可能不使民众加重负担。如果后世有人仍然继续沿袭这样的政策，那么，就是在重蹈秦王朝灭亡的覆辙了。太子性格稳重好静，一定能够安定天下，是我放心的继承人。要寻找守成的君主，难道还有贤于太子的吗？”虽然有了承诺，但不受宠爱是不争的事实。太子的地位原本就岌岌可危，江充的指控和准备向武帝汇报的威胁使太子更加的胆战心惊，这位已当了30多年的太子，并一直生活在全能的父亲阴影里的年轻人只得找他的师傅石德商议对策。
石德说：“前丞相父子、两位公主都因此致祸。现在巫与使者掘地得到罪证，不知是他们预先放置的，还是真的就有。现在无以自明，只有假冒皇帝的诏令，收捕江充等入狱，严加审问，追查其奸诈。而且陛下现在甘泉宫养病，皇后及家吏请问都没有得到回音。陛下生死存亡未可知，而奸臣如此跋扈，太子难道忘记了扶苏的教训了吗？”
石德用秦太子扶苏的悲剧警告刘据，刘据于是下决心起兵自卫。征和二年七月壬午日，武帝患病，在甘泉宫避暑，刘据派宾客以汉武帝使者名义逮捕江充等人，又调用宫中卫士，取武库兵器，向百官宣布江充谋反。于是斩江充示众，又用烈火烧烤的方式处死与江充联手的胡巫。同时动员数万市人与政府军战于长安城中，汉代最严重的政治动乱于是爆发，一起并不太大的事情终于酿成太子造反的后果。
当时在甘泉宫休养的汉武帝命令严厉镇压太子军，宣布抓获和杀死反叛者，自有赏赐。又具体指示：以牛车作为防卫工事，避免短兵相接，用弓箭尽可能多地杀伤士众。并且坚闭城门，不要让反叛者逃离长安。汉武帝迅速回到长安，居住在城西建章宫，下令长安附近郡县的正规军进发长安，并且亲自进行现场指挥。太子军与政府军在长安城中大战五天，死者多达数万人。5日后，太子兵败逃走。是年八月，太子在长安城郊自杀，同时遇难的还有太子的两个儿子，即武帝两个未成年的亲孙子。
事变之后，“巫蛊”冤案的内情逐渐显现于世。汉武帝知道太子发兵只是由于惶恐，并没有其他意图，又接受了一些臣下的劝谏，内心有所悔悟。他下令族灭江充全家，又将江充的同党苏文焚死在横桥上。他哀怜太子无辜，在刘据去世的地方筑作思子宫与归来望思之台，以示怀念之意。天下百姓听说后，都为太子刘据哀伤。思子宫和归来望思之台，后来也成为诗人吟咏的对象。
事情弄到这种地步，武帝也觉得凄凉，想起太子和两个皇孙竟然活生生地寻了死路，心中越发伤感，脾气也变得更加暴躁。到了晚年，行事十分糊涂，不近情理。有人认为武帝的举动不可思议的症结在于他宠信方士，信奉巫术，又兼刚愎自用，暴戾恣睢。如果究其根本原因，汉武帝晚年的糊涂暴戾的性格，主要是因长生无术引起的心烦意乱所致。
另外一种意见认为，汉武帝晚年，临近政权交替，国家政治进入了微妙时期。政治权力的转移，对于最高执政者本人来说显得非常重大。即使是对他自己选定的继承人，也是带有极为苛刻挑剔的目光。在父子对政事看法有所不同的情况下，心理裂痕会越来越明显。在这种极特殊的政治背景下，具有极敏感的政治嗅觉，又有投机之心，受到汉武帝特殊信任并被赋予重要权力的江充，利用汉武帝父子政治倾向不同的矛盾，制造了太子宫中的“巫蛊”冤案。
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